A través de patrullajes en alta mar la Fuerza Naval de Honduras (FNH), y la Fuerza Naval de la República de Guatemala, combaten de manera conjunta el narcotráfico, tráfico de armas, trata de personas y otros ilícitos que afectan la región en especial el sector fronterizo de la barra del río Motagua.
La Base Naval de Puerto Cortés realiza intensos patrullajes y operativos en el mar Caribe, dentro de las acciones, también inspecciona el río Motagua, para evitar más daños por acumulación de desechos sólidos en las playas de Omoa y la pesca ilegal.
Adjuntas a estas acciones también se realizan labores conjuntas en cumplimiento de los acuerdos de la Conferencia de las Fuerzas Armadas Centroamericanas (CFAC) y contrarrestar los efectos de las amenazas emergentes regionales, en especial el crimen organizado transnacional y delitos conexos.
Honduras y Guatemala se fortalecen con el intercambiando información y experiencias para afrontar especialmente al narcotráfico, siendo esta una de las vías más utilizada para el trasiego de drogas.
Ambas naciones a través de la Fuerza Maya-Chortí, también brindan protección fronteriza en los departamentos de Copán, Cortés, Santa Bárbara y Ocotepeque del lado hondureño, en resguardo del escudo terrestre.
