Con la finalidad de impedir el ingreso de plagas y enfermedades de origen animal y vegetal al país, inspectores del Servicio de Protección Agropecuario, (SEPA), se encuentran en todos los puestos fronterizos de Guatemala y Honduras, así como en los aeropuertos y puertos marítimos.
La Secretaría de Agricultura y Ganadería SAG a través del Servicio Nacional de Sanidad e Inocuidad Agroalimentaria (SENASA), trabaja en conjunto con el Organismo Internacional Regional de Sanidad Agropecuaria (OIRSA), en el fortalecimiento del análisis de riesgo para la toma de decisiones en la aplicación de medidas en puntos de entrada.
En la actualidad, la SEPA tiene ubicados estratégicamente 3 laboratorios en Aduana El Amatillo, El Guasaule y en Puerto Cortés, con el objetivo de hacer diagnóstico de plagas y de esta manera dar respuesta con prontitud a los usuarios que demandan del servicio.
El OIRSA, ópera en 11 puestos de tratamientos cuarentenarios, los que forman parte del Servicio Internacional de Tratamientos Cuarentenarios, (SITC), quienes trabajan con equipos rayos X, de última tecnología para la inspección del equipaje aéreo.