A través de la asignatura de manejo de cuencas hidrográficas y los programas comunitarios de educación no formal la Universidad de Ciencias Forestales (Unacifor) desarrolla importantes acciones en protección y preservación en diferentes cuencas del departamento de Comayagua, en apoyo a las organizaciones locales. Dentro de las acciones a destacar tenemos: Caracterización física y socioeconómica de cuencas y microcuencas, estudios de la capacidad y manejo de conflictos comunitarios para la protección de zonas productoras de agua, educación ambiental a niños y jóvenes de las escuelas y miembros de organizaciones locales. Actividades comunitarias en la reforestación y mantenimiento de plantaciones y estudios de cantidad y calidad del agua en las comunidades.
Manejo de acuíferos
De manera conjunta con autoridades locales de Siguatepeque, la Unacifor, desarrolla diferentes actividades vinculadas a la gestión de las aguas subterráneas, las cuales actualmente representan la fuente más importante de abastecimiento de agua del municipio. Se trata de estudios técnicos de gran importancia para conocer la capacidad de producción del acuífero, su uso actual del agua y su distribución tanto para fines comerciales y no comerciales. También es de gran importancia para el municipio de Siguatepeque el monitoreo de la calidad del agua, su capacidad productora de los acuíferos subterráneos. Sin esta información científica no es posible mantener el equilibrio en las necesidades de agua de los pobladores. El trabajo de la academia es fundamental en la protección del recurso agua en cuanto a su calidad, productividad y sostenibilidad, por lo anterior es sumamente importante fortalecer los trabajos de campo de docentes y estudiantes para una mayor proyección social a nivel nacional.