La victoria de Jon Uriarte en las elecciones a la presidencia del Athletic Club otorga a Ernesto Valverde la oportunidad de iniciar una tercera etapa en el banquillo de San Mamés y aumentar su récord de técnico con más partidos en la historia del equipo rojiblanco.
En el primer ciclo, el ‘Txingurri’ dirigió al conjunto bilbaíno entre 2003 y 2005, logrando en su primera campaña una quinta plaza que le dio un billete en la Copa de la UEFA de la siguiente temporada. En la 2004-2005 el Athletic fue semifinalista de Copa y acabó noveno en la competición liguera.